Paolo Atzeni è professore ordinario di basi di dati all'Università Roma Tre, dove è stato Prorettore alla Didattica dal 2017 al 2022 e Direttore del Dipartimento di Ingegneria dal 2012 al 2017. Dal 2022 al 2026 è stato collocato in aspettativa per assumere le funzioni di dirigente presso l'Agenzia per la Cybersicurezza Nazionale. In precedenza è stato ricercatore presso lo IASI-CNR di Roma, poi professore associato presso l'Università di Napoli e successivamente professore presso l'Università di Roma La Sapienza. E' stato ospite presso l'Università di Toronto e la Microsoft Research. 

Si è laureato con lode in Ingegneria Elettronica presso l'Università di Roma "La Sapienza" nel 1980

Ha lavorato su vari argomenti nel campo delle basi di dati, dalla teoria alle applicazioni, con pubblicazioni sulle principali riviste e atti di convegno. È il fondatore del gruppo di basi di dati di Roma Tre, che comprende sei docenti e vari dottorandi e studenti. Ha coordinato numerosi progetti con enti nazionali e internazionali, sia pubblici sia privati. 

E' stato presidente del GII (Gruppo di Ingegneria Informatica), l'associazione nazionale dei docenti del settore scientifico disciplinare IINF-05/A

E' da molti anni attivo nell'ambito delle associazioni internazionali nel settore delle basi di dati: è stato  vicepresidente del VLDB Endowment e presidente dell'Associazione EDBT.